बोन्साई पौधों के लिए पानी देना मुख्य प्रबंधन कार्यों में से एक है। पानी देना सरल लगता है, लेकिन इसे सही तरीके से पानी देना आसान नहीं है। पौधे की प्रजाति, मौसमी परिवर्तन, विकास अवधि, फूल अवधि, निष्क्रियता अवधि और पौधे की मौसम की स्थिति के अनुसार पानी देना चाहिए। पौधों की वृद्धि के लिए पानी देने के समय और मात्रा पर नियंत्रण रखना बहुत महत्वपूर्ण है। कुछ बोन्साई पौधों की मृत्यु सीधे तौर पर अनुचित पानी देने से संबंधित होती है।

गमले में लगे पौधों को पानी और पोषक तत्व प्रदान करने के अलावा, गमले की मिट्टी पौधों की सामान्य साँस लेने की क्षमता को भी बनाए रखती है। जब गमले की मिट्टी में पर्याप्त नमी होती है, तो मिट्टी के कण फैल जाते हैं, कणों के बीच की हवा को निचोड़ लेते हैं, जिससे गमले की मिट्टी में हवा की कमी हो जाती है; जब गमले की मिट्टी सूखी या अपेक्षाकृत सूखी होती है, तो मिट्टी के कण सिकुड़ जाते हैं, आयतन छोटा हो जाता है, और कणों के बीच अंतराल फिर से दिखाई देने लगते हैं। अंतराल हवा से भर जाते हैं।

जैसे-जैसे मिट्टी सूखी और गीली के बीच बदलती है, गमले की मिट्टी में हवा भी लगातार घूमती रहती है, जिससे पौधे की जड़ें सामान्य रूप से सांस ले पाती हैं। प्रत्येक पानी देने के बाद, पौधे की जड़ें थोड़े समय के भीतर गमले की मिट्टी में ऑक्सीजन की कमी को सहन करने में सक्षम हो जाएँगी। हालाँकि, अगर गमले की मिट्टी लंबे समय तक बहुत गीली रहती है, जिसके परिणामस्वरूप लंबे समय तक ऑक्सीजन की कमी होती है, तो इससे जड़ों का क्षरण और अन्य बीमारियाँ होंगी; अगर मिट्टी लंबे समय तक सूखी रहती है, तो गमले की मिट्टी में पर्याप्त ऑक्सीजन होने के बावजूद, पौधे लंबे समय तक पानी को अवशोषित नहीं कर पाते हैं, जो पौधों की वृद्धि के लिए भी हानिकारक है और यहाँ तक कि उनकी मृत्यु का कारण भी बन सकता है। इसलिए, बोन्साई पौधों को पानी देते समय, "सूखे होने पर उन्हें पानी न दें, उन्हें अच्छी तरह से पानी दें" के सिद्धांत का पालन किया जाना चाहिए।

पौधों को अपर्याप्त पानी देने और निर्जलीकरण के कारण टहनियाँ मुरझा जाएँगी और झुक जाएँगी, और पत्तियाँ मुरझा जाएँगी, पीली पड़ जाएँगी और गिर जाएँगी। शंकुधारी प्रजातियों के मामले में, सुइयाँ नरम हो जाएँगी और अपनी मज़बूत और चुभने वाली अनुभूति खो देंगी। जब पानी की कमी गंभीर होती है, तो शाखाओं का कोर्टेक्स रोंगटे खड़े कर देता है। अगर आपको गर्मियों में ऐसी स्थिति का सामना करना पड़ता है, तो आपको तुरंत पौधे को छायादार जगह पर ले जाना चाहिए। तापमान गिरने के बाद, पहले पत्तियों पर पानी का छिड़काव करें, फिर गमले में थोड़ा पानी डालें और फिर एक घंटे बाद पानी को अच्छी तरह से डालें।

गंभीर रूप से निर्जलित पौधों के लिए, एक बार में पर्याप्त पानी न डालें, क्योंकि जब पौधा गंभीर रूप से निर्जलित होता है, तो जड़ की छाल सिकुड़ जाती है और जाइलम के करीब होती है। यदि अचानक बड़ी मात्रा में पानी दिया जाता है, तो जड़ प्रणाली पानी के तेजी से अवशोषण के कारण फैल जाएगी, जिससे छाल फट जाएगी, जिससे पौधा मर जाएगा, इसलिए धीरे-धीरे अनुकूलन प्रक्रिया की आवश्यकता होती है। जिन पौधों में पानी की गंभीर कमी है, उन्हें उपरोक्त उपचार से गुजरने के बाद, उन्हें कुछ दिनों के लिए छायादार शेड में रखना सबसे अच्छा है, और फिर उन्हें मजबूत होने के बाद धूप में उगाएँ। हालाँकि, ज़्यादा पानी न डालें। पौधों को तेजी से बढ़ने, पेड़ के आकार और सजावटी मूल्य को प्रभावित करने के अलावा, अत्यधिक पानी देने से जड़ सड़न और मृत्यु भी आसानी से हो सकती है। लघु बोन्साई बर्तनों को कम मिट्टी की आवश्यकता होती है, इसलिए उन्हें सही समय पर और सही मात्रा में पानी देना विशेष रूप से महत्वपूर्ण है।