बोन्साई पौधों के लिए पानी देना मुख्य प्रबंधन कार्यों में से एक है। पानी देना आसान लगता है, लेकिन सही तरीके से पानी देना आसान नहीं है। पौधों की प्रजाति, मौसमी परिवर्तन, विकास अवधि, फूल अवधि, सुप्त अवधि और पौधे की मौसम की स्थिति के अनुसार पानी देना चाहिए। पौधों की वृद्धि के लिए पानी देने के समय और मात्रा में महारत हासिल करना बहुत महत्वपूर्ण है। कुछ बोन्साई पौधों की मृत्यु का सीधा संबंध अनुचित पानी देने से है।

गमले में लगे पौधों को पानी और पोषक तत्व प्रदान करने के अलावा, गमले की मिट्टी पौधों की हवा में सामान्य सांस लेने को भी बनाए रखती है। जब गमले की मिट्टी में पर्याप्त नमी होती है, तो मिट्टी के कण फैल जाते हैं, जिससे कणों के बीच के अंतराल में हवा सिकुड़ जाती है, जिससे गमले की मिट्टी में हवा की कमी हो जाती है; जब गमले की मिट्टी सूखी या अपेक्षाकृत सूखी होती है, तो मिट्टी के कण सिकुड़ जाते हैं, आयतन छोटा हो जाता है, और कणों के बीच अंतराल फिर से दिखाई देने लगता है। अंतराल हवा से भरे हुए हैं।

जैसे-जैसे मिट्टी सूखी और गीली के बीच बदलती है, गमले की मिट्टी में हवा भी लगातार घूमती रहती है, जिससे पौधों की जड़ें सामान्य रूप से सांस ले पाती हैं। प्रत्येक पानी देने के बाद, पौधे की जड़ें थोड़े समय के भीतर गमले की मिट्टी में ऑक्सीजन की कमी को सहन करने में सक्षम हो जाएंगी। हालाँकि, यदि गमले की मिट्टी लंबे समय तक गीली रहती है, जिसके परिणामस्वरूप लंबे समय तक ऑक्सीजन की कमी होती है, तो यह जड़ क्षरण और अन्य बीमारियों का कारण बनेगी; यदि मिट्टी लंबे समय तक सूखी रहती है, हालांकि गमले की मिट्टी में पर्याप्त ऑक्सीजन होती है, तो पौधे लंबे समय तक पानी को अवशोषित नहीं कर पाते हैं, जो पौधों के विकास के लिए भी हानिकारक है और यहां तक ​​कि उनके मरने का कारण भी बन सकता है। इसलिए, बोन्साई पौधों को पानी देते समय, "उन्हें सूखने पर पानी न दें, उन्हें अच्छी तरह से पानी दें" के सिद्धांत का पालन किया जाना चाहिए।

अपर्याप्त पानी और पौधों के निर्जलीकरण के कारण टहनियाँ मुरझा जाएँगी और मुरझा जाएँगी, और पत्तियाँ मुरझा जाएँगी, पीली पड़ जाएँगी और गिर जाएँगी। शंकुधारी प्रजातियों के मामले में, सुइयां नरम हो जाएंगी और अपनी मजबूत और कांटेदार अनुभूति खो देंगी। जब पानी की भारी कमी होती है, तो शाखाओं का वल्कुट रोंगटे खड़े हो जाने की तरह सिकुड़ जाता है। यदि आप गर्मियों में इस स्थिति का सामना करते हैं, तो आपको तुरंत पौधे को छायादार जगह पर ले जाना चाहिए। तापमान गिरने पर सबसे पहले पत्तों पर पानी का छिड़काव करें, फिर गमले में थोड़ा सा पानी डालें और फिर एक घंटे बाद पानी को अच्छी तरह से डालें।

गंभीर रूप से निर्जलित पौधों के लिए, सुनिश्चित करें कि एक बार में पर्याप्त पानी न दें, क्योंकि जब पौधा गंभीर रूप से निर्जलित होता है, तो जड़ का कोर्टेक्स सिकुड़ जाता है और जाइलम के करीब होता है। यदि अचानक बड़ी मात्रा में पानी की आपूर्ति की जाती है, तो पानी के तेजी से अवशोषण के कारण जड़ प्रणाली का विस्तार होगा, जिससे कॉर्टेक्स फट जाएगा, जिससे पौधा मर जाएगा, इसलिए क्रमिक अनुकूलन प्रक्रिया की आवश्यकता होती है। जिन पौधों में पानी की गंभीर रूप से कमी है, उन्हें उपरोक्त उपचार से गुजरने के बाद, उन्हें कुछ दिनों के लिए छायादार शेड के नीचे रखना और फिर मजबूत होने के बाद उन्हें धूप में उगाना सबसे अच्छा है। हालाँकि, ज़्यादा पानी न डालें। पौधों को तेजी से बढ़ने, पेड़ के आकार और सजावटी मूल्य को प्रभावित करने के अलावा, अत्यधिक पानी देने से जड़ सड़न और मृत्यु भी आसानी से हो सकती है। लघु बोन्साई बर्तनों को कम मिट्टी की आवश्यकता होती है, इसलिए उन्हें सही समय पर और सही मात्रा में पानी देना विशेष रूप से महत्वपूर्ण है।